La COALICO cuenta con una Asamblea compuesta por todas las organizaciones parte, un Comité Ejecutivo y una Secretaría Técnica. Por tratarse de un espacio de confluencia de organizaciones, la COALICO no cuenta con personería jurídica, por ello su representación legal está en cabeza de la Asociación Cristiana Menonita para Justicia, Paz y Acción Noviolenta (Justapaz), organización parte.